La Citometría de flujo permite medir simultáneamente múltiples parámetros de cada una de las células o partículas (previamente marcadas con fluorocromos) dentro de una población heterogénea en suspensión a una velocidad de varios miles por segundo, permitiendo identificar diferentes subpoblaciones celulares, comportamientos fisiológicos, etc.
Para ello las partículas en suspensión se hacen pasar mediante un sistema de flujo por un punto de análisis óptico consistente en una fuente de iluminación y excitación y un sistema de detectores que recogen la luz reflejada o emitida por cada una de las partículas. Los datos generados se almacenan para cada partícula individualmente y se analizan estadísticamente mediante software específico.